ВИЧ-инфекция относится к долго текущим заболеваниям. С момента заражения до момента смерти может пройти до 10-20 лет. Но в каждом отдельном случае на длительность жизни заразившегося влияют многие факторы. 
С течением времени количество вируса в организме медленно растет. Вирус поражает все новые и новые СД4 клетки и нарушает оболочки других клеток организма. Чем больше становится вирусов, тем больше поражается СД4 клеток, тем больше организм тратит сил на борьбу с инфекцией. Это похоже на затяжную позиционную войну, когда противники стараются измотать друг друга. Больше шансов у вируса...
У каждого организма есть свои ресурсы и свой потенциал, они не бесконечны. Через некоторое время организм исчерпывает ресурсы, и вирус встречает все меньше и меньше сопротивления. Развивается иммунодефицит.
Иммунодефицит – это потеря организмом способности сопротивляться любым инфекциям и восстанавливать нарушения своих органов. Кроме того, при иммунодефиците замедляется или вообще останавливается процесс обновления организма.
В этом состоянии человек становится беззащитным не только перед бактериями (вирусами), которые вызывают инфекционные заболевания, как грипп, дизентерия и другие, но также перед бактериями (вирусами), которые раньше не вызвали никаких заболеваний, существуя в организме человека. Один из ярких примеров – пневмоциста Карини. Это совершенно бесполезная для организма бактерия, живущая в легких каждого человека. При здоровой иммунной системе она не причиняет человеку никакого вреда, но при иммунодефиците может вызвать серьезное поражение легких – пневмоцистную пневмонию.
Вирус может проникать не только в СД4 клетки, которые нужны ему для размножения. Он также накапливается в клетках слизистых оболочек, нервных и мышечных тканях. СД4 клетка живет несколько десятков часов. После этого, не зависимо от того, инфицирована она или нет, клетка погибает и заменяется новой. Другие клетки организма живут значительно дольше – несколько месяцев или лет.
Например, проникая в нервную клетку или клетку мышц, вирус повреждает ее оболочку лишь незначительно, поэтому клетка долгое время продолжает нормально функционировать. (Если в нервную клетку проник один вирус, это действительно не принесет ей значительного ущерба, но проникновение сотен вирусов разрушит ее внешнюю оболочку и клетка погибнет).
Фактически вирус использует эти клетки как убежища. Он может в них долго находится, а потом выйти в кровоток и отправиться на поиски СД4 клеток, чтобы начать размножаться. Пока вирус находится в нервной или мышечной клетке и не размножается, он не может быть уничтожен, потому что не видим для клеток-пограничников и не доступен для антител, а также неуязвим для существующих противовирусных лекарств.
Именно способность «отсиживаться» в различных клетках организма делает невозможным полное уничтожение его с помощью стандартного метода борьбы организма с инфекциями, а именно путем выработки антител к вирусу.
Факторы, влияющие на прогрессирование ВИЧ-инфекции, разнообразны: генетические особенности, штамм вируса, психологическое состояние пациента, условия жизни и другие.